El síndrome X-Frágil no tiene cura, por lo que su tratamiento está enfocado a atenuar los síntomas del síndrome. En este sentido, la intervención temprana desempeña un rol esencial ya que como el cerebro del niño se encuentra en pleno desarrollo mientras antes se implemente el tratamiento, mejores serán los resultados.
En la mayoría de los casos, el tratamiento es multidisciplinar e incluye desde fisioterapia para enseñar a caminar a los niños hasta logopedia, intervenciones conductuales, integración sensorial mediante terapia ocupacional y planes de educación personalizados. En algunos casos, también es necesario el tratamiento farmacológico para regular algunos síntomas como la ansiedad o las conductas agresivas y violentas.
Vale destacar que la mayoría de los niños y cerca del 30% de las niñas con síndrome X-Frágil sufrirán una deficiencia intelectual bastante acentuada al llegar a la adultez. En los casos más severos, los niños pueden llegar a desarrollar algunas habilidades y a mejorar su comportamiento, pero difícilmente podrán alcanzar el nivel de sus coetáneos.